İlk İzmir'i kuranların MÖ 3000'de Tunç Çağı'nı yaşayan ve Bayraklı'da oturan bir halk olduğu, yapılan kazılar sonucu kesinlik kazanmıştır. Ancak, çok daha eski dönemlere, örneğin Yontma Taş Devri'ne uzanan bazı ilkel yerleşmelerin belirtileri de İzmir civarında kendini göstermektedir. Çok eski ilkel efsanelere göre, Bayraklı'daki yerleşmeden binlerce yıl önce kurulduğu belirtilen bir kentin, tanrıların vahşeti olarak değerlendirilen bir deprem sonucu göl hâline geldiği ileri sürülmektedir. Bu kentin, Yamanlar Dağı'ndaki Karagöl civarında olduğu tahmin edilmektedir. İlk İzmirlilerin kentlerini Bayraklı'da kurdukları bilinmektedir. Bugünkü Bayraklı'nın hemen yanında bulunan Tekel Şarap Fabrikası bağlarının sınırları içindeki 150 dönüm büyüklüğündeki Tepekule isimli höyük (eski ismi Hacı Mutço tepesi), bundan 5.000 yıl önce Luwi veya Lelej denilen en eski İzmir yurttaşlarınca kurulan ilk yerleşme bölgesi idi. Daha sonra kent, MÖ 1000'lerde Tepekule, kayalık bir zemine sahipti. İzmirliler, evlerini bu kayalık yere inşa ettiler. Megaron tipi denilen evlerin alt yarısı taştan, üstü kerpiçtendi. Yer döşemeleri ve duvarları, çok enfes bir harçla sıvanmıştı. 370 metre yükseklikteki Tepekule Uygarlığı, Troya-2 Uygarlığı ile yaştaştır. Ayrıca 2009 yerel seçimlerinden itibaren Bayraklı, Karşıyaka ilçesinden ayrılarak ayrı bir ilçe olmuştur. Ekim 2020'deki Ege Denizi depremi ilçede can ve mal kaybına neden olmuştur.